La gouvernance de l'EDS mise en place a pour mission de préserver la confiance de l’ensemble des acteurs, patients, professionnels de l’AP-HP et chercheurs ou acteurs de santé partenaires de l’AP-HP, de garantir la qualité des usages, le respect des droits des usagers, et de traiter les enjeux éthiques et sociétaux soulevés par la constitution de l’Entrepôt de Données de Santé.
La gouvernance de l’EDS associe aux niveaux stratégique et opérationnel des professionnels de santé, des chercheurs et des représentants des usagers :
Cette gouvernance a permis notamment de définir, dès 2016, les règles institutionnelles d’utilisation des données de santé collectées lors des soins et de préciser les modalités de contrôle d’accès et d’exploitation de ces données à d’autres finalités que le soin.