L'EDS mobilisé face à la COVID-19

Rassemblant plus de 120 personnes autour de l’Entrepôt de Données de Santé (EDS) de l’AP-HP, la task Force Data compte :

• des professionnels de la DST (Direction de la Stratégie et de la Transformation), de la DRCI (Direction de la Recherche Clinique et de l’Innovation) et de la DSN (Direction des Services Numériques) de l'AP-HP,
• l'équipe entrepôt de données Dr Warehouse de l'Institut Hospitalo-Universitaire Imagine,
• plusieurs équipes de recherche de l’Inria,
• des professionnels bénévoles issus d’entreprises variées telles que Dataiku, Cap Gemini, OVH, AXA Rev, le BCG, Imageens, Arkhn,
• ainsi qu’une quinzaine de volontaires hors AP-HP (étudiants dans le domaine de la santé et de l'informatique, particuliers...).

« Les professionnels de l'EDS remercient l’ensemble des bénévoles et volontaires pour leur temps, donné sans compter, leur expertise et leur talent, sans qui nous n’aurions pas pu obtenir autant de résultats dans un délai aussi court. »

Un consortium « AP-HP Covid Clincial Data Warehouse Initiative » (ACCI) s'est constitué, intégrant les personnes ayant été particulièrement impliquées dans la constitution de la cohorte EDS-Covid.
Ce consortium doit être mentionné dans les publications des recherche sur les données issues de cette cohorte.

Consulter les consignes de publications   

Consulter la liste des membres de l'ACCI   

S’appuyant sur l’Entrepôt de Données de Santé de l’AP-HP qui permet de collecter quotidiennement les données des systèmes d’information cliniques principaux de ses 39 hôpitaux, les travaux menés ont permis de constituer en un temps record une cohorte spécifique « EDS-Covid ».

Les principales données collectées sont :

• démographie des patients,
• codages PMSI (Programme de Médicalisation des Systèmes d'Information) dont diagnostics et actes,
• données de prise en charge,
• documents médicaux,
• prescriptions de médicament,
• données physiologique,
• données de biologie,
• données d’imagerie…

Les données du dossier médical sont issues principalement d'Orbis (Dossier Patient Informatisé (DPI)).
Les données d’Imagerie sont issues du PACS (Picture Archiving and Communication System, système d'archivage et de transmission d'images).
Les données de biologie dont les données de microbiologie sont issues de GLIMS (système de gestion de laboratoire).

En plus de fournir des éléments d’aide à la décision et permettre à des projets de recherche de démarrer rapidement, la collecte de ces données permet également de répondre aux besoins nationaux de suivi de l’épidémie (transmission à Santé Publique France (SPF), aide au codage pour les services d’information médicale).

Avec les données de plus de 20 000 patients Covid+, la cohorte « EDS-Covid » est aujourd’hui une référence mondiale concernant les données en vie réelle sur le coronavirus. L’expertise dans le traitement automatique des langues de plusieurs équipes d’informatique médicale ont permis d’enrichir la cohorte, de données d’intérêt extraites des documents médicaux (antécédents, comorbidités, traitements médicamenteux, etc…).

La cohorte « EDS-Covid » s’est constituée progressivement depuis le 12 mars 2020. Le critère d’inclusion est la réalisation d’une PCR1 pour le coronavirus (prélèvements techniqués à l’AP-HP ou sous traités) dont le résultat est validé dans GLIMS. Les données sont ensuite progressivement enrichies avec les données cliniques présentes au sein de l’EDS.

(1) La Polymerase Chain Reaction (PCR) est une méthode basée sur la multiplication sélective de séquences d'ADN cibles. C'est un procédé d'amplification moléculaire qui mime le processus naturel de synthèse de l'ADN. Cette technique analytique permet de détecter des séquences d'ADN spécifiques présentes dans un produit.

Au 23/02/2021 la cohorte incluait 633 759 patients :

• Près de 10% des patients testés avaient une PCR positive.
• 37% des patients présentant une PCR positive étaient hospitalisés.
• 24% des patients hospitalisés étaient admis en réanimation (soins critiques).

Les données de cette cohorte ont été intégrées et standardisées selon des standards internationaux (modèle OMOP2 et terminologies de référence telles que la CIM103, la CCAM, LOINC4, ATC5, etc...).

Les données COVIDOM et ORBISBLOC sont disponibles.
Les données d’imagerie issues du PACS sont également mises à disposition et leur analyse a débuté.

D’autres sources de données sont en cours de remontée (et seront disponibles pour l’analyse dans les prochains jours), notamment : Metavision (DPI des services de réanimation utilisé entre autre à l'hôpital Pitié Salpétrière), Clinisoft (DPI des services de réanimation utilisé entre autre à l'hôpital Cochin), DXCare (DPI de l’Hôpital Européen Georges-Pompidou (HEGP)), Urgences URQUAL.

(2) OMOP : Observational Medical Outcomes Partnership, modèle de données commun qui permet d’organiser et de standardiser les données patients (données administratives, dossiers médicaux électroniques, données hospitalières…) provenant de différentes sources à travers le monde.

(3) CIM10 : Classification Internationale des Maladies, 10ème révision. La CIM10 est une classification médicale codifiée classifiant les maladies et une très vaste variété de signes, symptômes, lésions traumatiques, empoisonnements, circonstances sociales et causes externes de blessures ou de maladies. Elle est publiée par l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS).

(4) LOINC : Logical Observation Identifiers Names & Codes. LOINC est une terminologie de référence internationale. Elle permet notamment le codage des analyses élémentaires de biologie pour l'expression des résultats dans un contenu médical dématérialisé en France.

(5) ATC : Le système de classification Anatomique, Thérapeutique et Chimique est utilisé pour classer les médicaments. C'est le Collaborating Centre for Drug Statistics Methodology de l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) qui la contrôle. Les médicaments sont divisés en différents groupes selon l'organe ou le système sur lequel ils agissent ou leurs caractéristiques thérapeutiques et chimiques.

Dans le contexte de la pandémie de COVID-19, une base de données d'imagerie médicale dédiée a été constituée au sein de l'EDS en prenant comme référence les données des patients présents dans la cohorte EDS-Covid (test PCR positif ou négatif), et est mise à jour régulièrement.

Les données d'imagerie sont collectées via le PACS AP-HP et sont mises à jour en temps réel.

Le Comité Scientifique et Ethique de l’EDS (CSE) se réunit 1 à 2 fois par semaine pour évaluer les demandes au fil de l’eau, émettre un avis et permettre une mise à disposition rapide des données de la cohorte EDS-Covid.

La liste des recherches relatives à la pandémie due à la COVID-19 ayant reçu un avis favorable du CSE de l’Entrepôt de Données de Santé est disponible sur la page « Les recherches sur la COVID-19 ».

Toutes ces études sont menées par des professionnels de l’AP-HP, certaines en collaboration avec des partenaires extérieurs à l’AP-HP.

Consulter la liste des recherches sur la COVID-19   

Un portail décisionnel dédié à la pandémie COVID-19 a été mis en place. Si la cohorte EDS-Covid sert de référence en matière de données, le portail décisionnel permet d’accéder à des données statistiques afin d'en faciliter la réutilisation.

Le portail dédié à la COVID-19 met à disposition des données plaçant au premier plan le partage d’indicateurs et la transparence entre les équipes de direction et les personnels d’encadrement au sein des unités de soins.